Según cálculos de ACUMAR, con el aporte de datos de AYSA, aproximadamente a la mitad de la población estimada de la Cuenca, no cuentan con acceso al servicio cloacal. El limitado acceso a este servicio básico de saneamiento expone a gran parte de la población de la Cuenca a riesgos sanitarios con consecuencias directas sobre el ambiente y la salud. Hoy día, se estima que el 80% de la contaminación de la Cuenca proviene de efluentes de origen domiciliario, mientras que el 20% restante es de origen industrial.
Para atender esta problemática, en la Cuenca Matanza Riachuelo se realizan obras estratégicas de saneamiento, que incluyen desde la extensión de las redes primarias y secundarias de cloaca en barrios que no tenían acceso a este servicio hasta la construcción de nuevas plantas de tratamiento de efluentes. Además, ACUMAR trabaja junto al Programa Mejor Hogar en un programa de conexiones intradomiciliarias que provea la conexión de los domicilios a las redes cloacales ya instaladas en los barrios.